荧光定量PCR实验步骤

*关键词:荧光定量pcr耗材,实验室耗材,pcr管,pcr板,本生生物pcr耗材
荧光定量pcr实验步骤:
①取冻存已裂解的细胞,室温放置5分钟使其*溶解。
②两相分离 每1ml的trizol试剂裂解的样品中加入0.2ml的lvfang,盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚lvfang相,中间层以及无色水相上层。rna全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的trizol试剂的60%。
③rna沉淀 将水相上层转移到一干净无rna酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的rna,混匀后15到30℃孵育10分钟后,于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的rna沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。
④rna清洗 移去上清液,每1mltrizol试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇(75%乙醇用depch2o配制),清洗rna沉淀。混匀后,4℃下7000rpm离心5分钟。
⑤rna干燥 小心吸去大部分乙醇溶液,使rna沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。
⑥溶解rna沉淀 溶解rna时,先加入无rna酶的水40μl用枪反复吹打几次,使其*溶解,获得的rna溶液保存于-80℃待用。 1)紫外吸收法测定
先用稀释用的te溶液将分光光度计调零。然后取少量rna溶液用te稀释(1:100)后,读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,测定rna溶液 浓度和纯度。
① 浓度测定
a260下读值为1表示40 μg rna/ml。样品rna浓度(μg/ml)计算公式为:a260 ×稀释倍数× 40 μg/ml。具体计算如下:
rna溶于40 μl depc水中,取5ul,1:100稀释至495μl的te中,测得a260 = 0.21
rna 浓度= 0.21 ×100 ×40 μg/ml = 840 μg/ml 或 0.84 μg/μl
取5ul用来测量以后,剩余样品rna为35 μl,剩余rna总量为:
35 μl × 0.84 μg/μl = 29.4 μg
②纯度检测
rna溶液的a260/a280的比值即为rna纯度,比值范围1.8到2.1。
2)变性琼脂糖凝胶电泳测定
①制胶
1g琼脂糖溶于72ml水中,冷却至60℃,10 ml的10× mops电泳缓冲液和18 ml的37% *(12.3 m)。
灌制凝胶板,预留加样孔至少可以加入25 μl溶液。胶凝后取下梳子,将凝胶板放入电泳槽内,加足量的1×mops电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米。
②准备rna样品
取3μgrna,加3倍体积的甲醛上样染液,加eb于甲醛上样染液中至终浓度为10μg/ml。加热至70℃孵育15分钟使样品变性。
③电泳
上样前凝胶须预电泳5min,随后将样品加入上样孔。5–6v/cm电压下2h,电泳至溴酚兰指示剂进胶至少2–3cm。
④紫外透射光下观察并拍照
28s和18s核糖体rna的带非常亮而浓(其大小决定于用于抽提rna的物种类型),上面一条带的密度大约是下面一条带的2倍。还有可能观察到一个更小稍微扩散的带,它由低分子量的rna(trna和5s核糖体rna)组成。在18s和28s核糖体带之间可以看到一片弥散的eb染色物质,可能是由mrna和其它异型rna组成。rna制备过程中如果出现dna污染,将会在28s核糖体rna带的上面出现,即更高分子量的弥散迁移物质或者带,rna的降解表现为核糖体rna带的弥散。用数码照相机拍下电泳结果。 ①反应体系 序号 反应物 剂量 1 逆转录buffer 2μl 2 上游引物 0.2μl 3 下游引物 0.2μl 4 dntp 0.1μl 5 逆转录酶mmlv 0.5μl 6 depc水 5μl 7 rna模版 2μl 8 总体积 10μl 轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
②混合液在加入逆转录酶mmlv 之前先70℃干浴3分钟,取出后立即冰水浴至管内外温度一致,然后加逆转录酶0.5μl,37℃水浴60分钟。
③取出后立即95℃干浴3分钟,得到逆转录终溶液即为cdna溶液,保存于-80℃待用。 管家基因(β-actin)实时定量pcr
①β-actin阳性模板的标准梯度制备 阳性模板的浓度为1011,反应前取3μl按10倍稀释(加水27μl并充分混匀)为1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104,以备用。
②反应体系如下:
标准品反应体系 序号 反应物 剂量 1 sybr green 1 染料 10μl 2 阳性模板上游引物f 0.5μl 3 阳性模板下游引物r 0.5μl 4 dntp 0.5μl 5 taq酶 1μl 6 阳性模板dna 5μl 7 ddh2o 32.5μl 8 总体积 50μl 轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
管家基因反应体系: 序号 反应物 剂量 1 sybr green 1 染料 10μl 2 内参照上游引物f 0.5μl 3 内参照下游引物r 0.5μl 4 dntp 0.5μl 5 taq酶 1μl 6 待测样品cdna 5μl 7 ddh2o 32.5μl 8 总体积 50μl 轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
③制备好的阳性标准品和检测样本同时上机,反应条件为:93℃2分钟,然后93℃ 1分钟,55℃ 2分钟,共40个循环。 ①针对每一需要测量的基因,选择一确定表达该基因的cdna模板进行pcr反应。
反应体系: 序号 反应物 剂量 1 10×pcr缓冲液 2.5 ul 2 mgcl2溶液 1.5 ul 3 上游引物f 0.5 ul 4 下游引物r 0.5 ul 5 dntp混合液 3 ul 6 taq聚合酶 1 ul 7 cdna 1 ul 8 加水至总体积为 25ul 轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
35个pcr循环(94℃1分钟;55℃1分钟;72℃1分钟); 72℃延伸5分钟。
②pcr产物与 dna ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色,检测pcr产物是否为单一特异性扩增条带。
③将pcr产物进行10倍梯度稀释: 设定pcr产物浓度为1×1010,依次稀释至109、108、107、106、105、104几个浓度梯度。 ①所有cdna样品分别配置实时定量 pcr反应体系。
体系配置如下: 序号 反应物 剂量 1 sybr green 1 染料 10 ul 2 上游引物 1ul 3 下游引物 1ul 4 dntp 1ul 5 taq聚合酶 2ul 6 待测样品cdna 5ul 7 ddh2o 30ul 8 总体积 50 ul 轻弹管底将溶液混合,6000rpm短暂离心。
②将配制好的pcr反应溶液置于realtime pcr仪上进行pcr扩增反应。反应条件为:93℃2分钟预变性,然后按93℃ 1分钟,55℃1分钟,72℃1分钟,共40做个循环,后72℃7分钟延伸。 各样品的目的基因和管家基因分别进行realtime pcr反应。pcr产物与 dna ladder在2%琼脂糖凝胶电泳,goldview染色,检测pcr产物是否为单一特异性扩增条带。
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