单细胞转录组 Vs 空间转录组,产业 Vs 技术,潮流对撞,双剑合璧!

要问现在生物行业最火的创新技术是什么?那非单细胞转录组或者空间转录组莫属!
各种年度技术评价加持
2009年汤富酬老师发表第一篇单细胞文章,正式拉开单细胞研究的序幕;
2011年nature methods将单细胞列为未来几年关注技术;
2013年science将单细胞列为年度关注的六大领域;
2014年nature methods将单细胞测序为 2013 年度最重要的方法学进展;
2018 年science 公布的科学突破中,单细胞技术位列突破;
2019年单细胞多组学技术被 nature methods 评为年度技术;
2020年nature methods 年度技术与单细胞转录组测序相辅相成的空间转录组技术;
2022 年nature 最新发布,空间多组学技术被评为 2022 年值得关注的 7 项技术之一。
图.单细胞多组学与空间多组学发展进程(图片来源网络)
除了这些年度技术的高度评价,市场容量、投资价值上也不容小觑。专业咨询机构decibio预估全球单细胞分析市场在 2022 年为12亿美元(约人名币60亿元),并将以每年 13% 的速度增长,到 2025 年达到约17亿美元。这一数字与 10x genomics 最近的收益一致。睿略行业研究机构预测2022年全球空间基因组学和转录组学市场规模达16.41亿元(人名币),中国空间基因组学和转录组学市场规模达到2.84亿元,预计到2028年,全球空间基因组学和转录组学市场规模将达到27.53亿元,在预测期间2023-2028内,市场年均复合增长率预估为9.13%。
那么,受到如此青睐的技术,到底是做什么的呢?有什么实际的应用价值?
单细胞转录组
即single cell rna-seq(scrna-seq),是指在单细胞水平上对rna进行高通量测序和分析的新技术。不同于常规组织或细胞群测序(bulk rna-seq)得到的结果(只是大量细胞平均表达水平),单测序能够深入挖掘特异性的信息。
空间转录组
即(st rna-seq)技术,是指在对细胞的基因表达进行定量测序的同时,提供细胞在组织空间的具体位置信息。与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织生理环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,进一步推进对正常和病理状态下的细胞特征的理解。
图.bulk rna-seq和scrna-seq以及st rna-seq的区别(图片来源于网络)
例如单细胞用于肿瘤预后检测时,如果只有少数几个肿瘤细胞的残留,bulk rna-seq可能检测不出,而scrna-seq能检出少量肿瘤细胞甚至一个肿瘤细胞的残留,st rna-seq不仅能检出少量肿瘤细胞的残留,也能指征肿瘤细胞存在的位置信息。目前单细胞技术及空间转录组技术应用范围非常广泛,涉及发育生物学、神经生物学、癌症研究、免疫系统研究、药物发现与开发、肠道微生物研究等。
单细胞技术及空间转录组技术的应用
如火如荼的单细胞和空间组学赛道上,也积聚了众多的厂商。单细胞仪器厂商有进口仪器如10x genomics、bd rhapsody,国产仪器商也不少,如华大智造、寻因、达普、墨卓、万乘、百创、新格元、跃真、德运康瑞等。
图.不同单细胞捕获平台仪器厂家汇总
空间转录组相对于单细胞转录组起步较晚,但是目前入驻的企业也不少,不同平台有不同的技术方法,主要分为探针法和非探针法。
图.不同空间组学技术类型及厂家对比(图片来源与网络)
除了以上空间组学技术公司外,近期国产厂家也踊跃突破。bgi是家推出单分辨率的空间转录组概念(stereo-seq),之后陆续有其他空间组学技术厂家报道,如百创智造的s系列空间转录组-s1000、寻因生物的seekspace、德运康瑞的dynaspatial、跃真生物的m20 spatial等。
鉴于以上,12月19-20日,在北京围绕单细胞技术及空间技术开展了第四届单细胞测序技术应用研讨会。
该研讨会以“单细胞测序技术应用”和“单细胞&空间组学”为主题,围绕研究热点、技术进展、应用场景、临床需求、市场反馈、瓶颈分析及机遇与挑战等话题展开了深入探讨。
翌圣生物科技(上海)股份有限公司曹振博士进行了题为“微流控单细胞技术平台优质原料的研发”的主题报告。曹老师介绍了单细胞测序技术的发展历程、高通量单细胞样本制备和原料开发过程等内容,强调适配微液滴系统的m-mlv突变体筛选——翌圣镁孚泰生物五大核心酶改造技术,以更短的时间获得更高的成功率目标突变体。
翌圣生物科技(上海)股份有限公司创始人&董事长黄卫华与清华大学副研究员高军涛、dimension genomics inc 联合创始人、总裁兼执行官曹涵、北京百奥益康医药科技有限公司副总经理石菲菲、深圳市真迈生物科技有限公司医学官王益民和上海欧易生物医学科技有限公司总经理张志明围绕主题“单细胞与空间多组学技术前沿与临床应用”进行了圆桌讨论。
单细胞转录组及空间转录组在生物创新行业中有着不容置疑的地位,翌圣生物也将不断在该领域不断深耕、持续创新。未来,希望能帮助研究人员观察到生物技术里的生动图景,让人类真正掌握生物行业的“神秘密码”。
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