小型手持智能型高光谱相机如何进行植物表型鉴定和病害检测？
导读
高光谱成像传感器是近几年研究用于监测不同环境中农作物和植被的有效工具。植物的生理学，形态学或生物化学信息可以通过非接触的方式以及不同尺度下评估。例如，利用高光谱传感器用于植物表型分析或农业中的生理胁迫研究。截至目前，市面上有各种非成像和成像高光谱传感器可供选择，这些仪器进行测量的过程相当复杂。因此，现代化检测及研究中对易于用户操作的高光谱传感器的需求日益增加。芬兰发布的一款新型小型手持式智能型高光谱相机——specim iq，就是基于用户的现代化便携操作而设计的。specim iq的机身小巧轻便，只有1.3kg，实现轻松手持操作；同时在相机中直接集成了操作控制系统，通过相机自带的触摸屏就可实时实现基本数据的采集和分析过程（如预处理和分类例程），实现智能化操作。便携手持、现场实时快速检测、全自动智能分析、高质量数据，相信 specim iq 如此多的现代化特征会让您的高光谱研究更加得心应手！
以下我们将specim iq采集的高光谱数据与已经十分成熟高光谱成像仪技术specim v10e 进行定性对比，发现specim iq便携手持的设计并未影响到相机的数据准确性，一致地获得了高质量高光谱数据。同时，手持智能型specim iq还可以实现对植物表型的鉴定以及病害研究检测等，在植物科学研究及其他领域具有无限可能。
1、手持智能型高光谱相机specim iq与specim v10e的定性对比
通过与性能的specim v10e相机对比，我们评估了新型specim iq的成像质量。specim v10e在推扫式高光谱相机领域是一款具有代表性且*的产品，与specim iq具有相同的光谱范围（400-1000nm）。在实验过程中，通过采用4倍的光谱合并，达到与specim iq相似的光谱采集，共有211个波段，每行数据具有1600个像素。研究人员利用两款设备分别在室内（卤素灯光源）和室外（自然光光源）对具有不同颜色的样本：纸片和聚乙烯胶片，进行了高光谱数据采集和对比。
图1 智能型高光谱相机specim iq（207mm*91mm*74mm）
经过对比，得到如图2所示结果。对相同样本，两款设备采集的光谱形状高度重合：实验室的平均值是0.009，室外平均值为0.043。specim iq和specim v10e的平均标准偏差分别为室内（0.017和0.021）和室外相同（0.029和0.029），但specim iq更为均，specim v10e在光谱边界处具有更高的噪声水平（400 -450nm和400-450nm）900-1000nm，见图2）。研究表明，除了925-970nm范围内的大气水汽吸收带之外，周围光谱的原始信号较弱，导致反射信号的快速增加。
图2 平均光谱包含绿色纸片（a）和紫色聚乙烯片（b）的标准差，c表示室内测试的不同颜色的样本
图3 室外数据的光谱对比（a-d）：绿色纸片、暗黄色纸片、紫色聚乙烯胶片以及蓝色聚乙烯胶片
2、手持智能型高光谱相机specim iq对拟南芥的生理胁迫研究
通过植被指数可评估不同状态下植被的生理结构和功能特性，包括生物量、冠层结构、叶面积指数、叶绿素含量以及植物冠层的光利用效率等。研究人员利用specim iq对拟南芥的两个变种在胁迫状态下的生理状态分别进行了研究。由于缺乏psbs蛋白质和紫黄质脱环氧化酶，拟南芥的变种样本对光能量利用能力减弱（非光化学淬灭），但在室温条件下可正常发育，在高光照条件下，突变体可能受光损伤，这些都是肉眼无法察觉的。利用specim iq对18个样本进行数据采集，并对所采集的数据进行植被指数计算，在此基础上，对样本的叶绿素含量和类胡萝卜素转化的敏感程度进行了评估（图4）。
图4 在非胁迫适应（nsa）和胁迫适应（sa）拟南芥野生型（col-0）和pq缺陷突变体（npq1和npq4）之间观察到的差异。 左侧面板显示选定感兴趣区域的假彩色图像（a）; ndvi（c）; reip（e）; 和由specim iq采集数据计算的pri（g）。 右侧面板显示计算出的平均值和标准差（b）; ndvi（d）; reip（f）; 和pri（h）从三个单独的植物随机分布在成像框架，不同的字母表示基于lsd的显着差异（a = 0.05）。
研究表明，specim iq可用于拟南芥中叶绿素（ndvi）和叶黄素（pri）的含量的检测，并能评估植株样本的状态。通过验证具有代表性的植被指数，可为其它植被指数的评估计算提供样例，并为在植被研究领域获得更多生理信息奠定了基础。
3、手持智能型高光谱相机specim iq对大麦白粉病的研究
高光谱成像作为非接触式的测量传感器，在植物疾病严重程度与宿主植物对特定植物病原体的易感性的评估方面有很大的应用。本研究利用specim iq评估了不同大麦品种在冠层尺度上的白粉病严重程度，并对品种milford和tocada进行了4个和7个不同的白粉病易感性等级的比较。研究准确地检测了两个品种的白粉病症状，并通过高光谱成像结合数据分析方法评估品种的不同疾病严重程度。
研究人员利用specim iq对在温室中培养的360个大麦植物样本（稳定的漫射光条件下培养）进行检测，并使用的白色参考板（见图5）和specim iq的内置功能对高光谱数据进行归一化。研究人员利用specim iq studio的光谱角匹配方法（sam）进行感染检测并与支持向量机分类（svm）方法进行对比，检测到上部叶中具有类似病状的区域。
图5 使用光谱角匹配（sam）和支持向量机（svm）对白粉病进行分类，图像左侧包含白色参考面板
研究表明，大麦白粉病的样本检测到的疾病症状分别为所有植物像素的25.8％和4.4％，而健康部分只有2.0％和2.2％。现有的错误分类主要是白色参考边界处（看起来像叶面上的白色菌丝体）混合像素的影响。为了消除这种系统偏差，通过减去错误分类像素量来确定疾病严重程度，预测分析的品种的2.2％至23.7％的强烈差异。因此，specim iq可用来测量评估复杂冠层的疾病严重性，控制光源照明条件保证高信号质量，此项研究也证明specim iq空间分辨率足以确定大麦叶片上的单一症状。
4、总结
手持智能型specim iq相机在植物生理和病害检测中具有巨大潜力。通过specim iq与specim v10e室内和室外环境中对不同材质色卡辐射测量评估，得到两者的光谱特性高度一致性。根据植被指数分析得到的结果表明手持智能型specim iq在植物研究和表型分型策略的背景下的应用潜力：对于白粉病的评估，表明specim iq具有足够的测量能力，并且与svm相结合，在量化中对视觉评估的高度一致性。
作为智能型的高光谱相机设备，手持式specim iq除具有高精度的数据质量外，其设备本身具有高紧凑性、可移动性强和快速集成处理能力，为科技新领域的应用创造了有利条件。手持智能型specim iq的发布让高光谱传感器技术以实验室设备的质量水平传输到温室和现场，而无需任何载体平台或控制和存储设备，因此，该款设备的诞生无疑可以支持各个场景下的不同应用，并推动现代高光谱技术在更多领域的发展和影响。
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以下我们将specim iq采集的高光谱数据与已经十分成熟高光谱成像仪技术specim v10e 进行定性对比，发现specim iq便携手持的设计并未影响到相机的数据准确性，一致地获得了高质量高光谱数据。同时，手持智能型specim iq还可以实现对植物表型的鉴定以及病害研究检测等，在植物科学研究及其他领域具有无限可能。
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通过与性能的specim v10e相机对比，我们评估了新型specim iq的成像质量。specim v10e在推扫式高光谱相机领域是一款具有代表性且*的产品，与specim iq具有相同的光谱范围（400-1000nm）。在实验过程中，通过采用4倍的光谱合并，达到与specim iq相似的光谱采集，共有211个波段，每行数据具有1600个像素。研究人员利用两款设备分别在室内（卤素灯光源）和室外（自然光光源）对具有不同颜色的样本：纸片和聚乙烯胶片，进行了高光谱数据采集和对比。
图1 智能型高光谱相机specim iq（207mm*91mm*74mm）
经过对比，得到如图2所示结果。对相同样本，两款设备采集的光谱形状高度重合：实验室的平均值是0.009，室外平均值为0.043。specim iq和specim v10e的平均标准偏差分别为室内（0.017和0.021）和室外相同（0.029和0.029），但specim iq更为均，specim v10e在光谱边界处具有更高的噪声水平（400 -450nm和400-450nm）900-1000nm，见图2）。研究表明，除了925-970nm范围内的大气水汽吸收带之外，周围光谱的原始信号较弱，导致反射信号的快速增加。
图2 平均光谱包含绿色纸片（a）和紫色聚乙烯片（b）的标准差，c表示室内测试的不同颜色的样本
图3 室外数据的光谱对比（a-d）：绿色纸片、暗黄色纸片、紫色聚乙烯胶片以及蓝色聚乙烯胶片
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图4 在非胁迫适应（nsa）和胁迫适应（sa）拟南芥野生型（col-0）和pq缺陷突变体（npq1和npq4）之间观察到的差异。 左侧面板显示选定感兴趣区域的假彩色图像（a）; ndvi（c）; reip（e）; 和由specim iq采集数据计算的pri（g）。 右侧面板显示计算出的平均值和标准差（b）; ndvi（d）; reip（f）; 和pri（h）从三个单独的植物随机分布在成像框架，不同的字母表示基于lsd的显着差异（a = 0.05）。
研究表明，specim iq可用于拟南芥中叶绿素（ndvi）和叶黄素（pri）的含量的检测，并能评估植株样本的状态。通过验证具有代表性的植被指数，可为其它植被指数的评估计算提供样例，并为在植被研究领域获得更多生理信息奠定了基础。
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4、总结
手持智能型specim iq相机在植物生理和病害检测中具有巨大潜力。通过specim iq与specim v10e室内和室外环境中对不同材质色卡辐射测量评估，得到两者的光谱特性高度一致性。根据植被指数分析得到的结果表明手持智能型specim iq在植物研究和表型分型策略的背景下的应用潜力：对于白粉病的评估，表明specim iq具有足够的测量能力，并且与svm相结合，在量化中对视觉评估的高度一致性。
作为智能型的高光谱相机设备，手持式specim iq除具有高精度的数据质量外，其设备本身具有高紧凑性、可移动性强和快速集成处理能力，为科技新领域的应用创造了有利条件。手持智能型specim iq的发布让高光谱传感器技术以实验室设备的质量水平传输到温室和现场，而无需任何载体平台或控制和存储设备，因此，该款设备的诞生无疑可以支持各个场景下的不同应用，并推动现代高光谱技术在更多领域的发展和影响。
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